InnoDB存储表和索引有以下两种方式：
1）使用共享表空间存储，这种方式创建的表结构保存在.frm文件中。Innodb的所有数据和索引保存在一个单独的表空间（由参数innodb_data_home_dir和innodb_data_file_path定义，若innodb_data_home_dir为空，则默认存放在datadir下，初始化大小为10M）里，而这个表空间可以由很多个文件组成，一个表可以跨多个文件存在，所以其大小限制不再是文件大小的限制，而是其自身的限制。

2）使用独立表空间（多表空间）存储，这种方式创建的表结构仍然保存在.frm文件中，但是每个表的数据和索引单独保存在.ibd中。如果是个分区表，那么每个分区对应单独的.ibd文件，文件名是“表名+分区名”，可以在创建分区的时候指定每个分区数据文件的位置，以此来将表的I/O均匀分布在多个磁盘上。

如果要使用独立表空间的存储方式，那么需要设置参数innodb_file_per_table为ON，并且重新启动服务后才可以生效。修改innodb_file_per_table的参数值即可修改数据库的默认表空间管理方式，但是修改不会影响之前已经使用过的共享表空间和独立表空间。ON代表独立表空间管理，OFF代表共享表空间管理。若要查看单表的表空间管理方式，则需要查看每个表是否有单独的数据文件。该参数从MySQL 5.6.6开始默认为ON（之前的版本均为OFF），表示默认为独立表空间管理。

独立表空间的数据文件没有大小限制，不需要设置初始大小，也不需要设置文件的最大限制、扩展大小等参数对于使用多表空间特性的表，可以比较方便地进行单表备份和恢复操作，但是直接复制.ibd文件是不行的，因为没有共享表空间的数据字典信息，直接复制的.ibd文件和.frm文件恢复时是不能被正确识别的，但可以通过命令：“ALTER TABLE tb_name DISCARD TABLESPACE;”和“ALTER TABLEtb_name IMPORT TABLESPACE;”将备份恢复到数据库中，但是这样的单表备份，只能恢复到表原来所在的数据库中，而不能恢复到其他的数据库中。如果要将单表恢复到目标数据库，那么需要通过mysqldump和mysqlimport来实现。

需要注意的是，即便在独立表空间的存储方式下，共享表空间仍然是必需的。InnoDB会把内部数据字典、在线重做日志、Undo信息、插入缓冲索引页、二次写缓冲（Double write buffer）等内容放在这个文件中。